刘穆之在内总领朝政，在外供应北征军队的粮草物资，处理事务果断迅速，没有积压。前来拜见他的宾客络绎不绝，各种请求和申诉层出不穷，朝廷内外的咨询禀报堆满了台阶和房屋；刘穆之能同时用眼审阅公文、用手批复书信、用耳听取汇报、用口回应询问，各项事务互不干扰，都能妥善处理。他还喜欢结交宾客，与人交谈、赏玩欢笑，整天没有倦意。偶尔有空闲时间，他就亲自抄写书籍，查阅核对、校正错误。刘穆之生性奢侈豪放，吃饭时菜肴摆满一丈见方的桌子，每天早晨都要为十个人准备膳食，从没有独自用餐的时候。他曾对刘裕说：“我家本来贫贱，过去常常衣食不足。自从承蒙您的提拔以来，虽然时常想着节俭，但每天的日常所需，还是稍微有些过于丰盛。除此之外，我没有一丝一毫辜负您的地方。” 中军咨议参军张邵对刘裕说：“人的生命脆弱无常，应当长远考虑。如果刘穆之意外去世，谁能代替他呢？您的大业已经到了这个地步，万一发生不测，后事该如何安排？” 刘裕说：“这件事自然托付给刘穆之和你了。”
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丁巳日，刘裕从建康出发，派遣龙骧将军王镇恶、冠军将军檀道济率领步兵从淮河、淝水出发，向许昌、洛阳进军；新野太守朱超石、宁朔将军胡籓向阳城（今河南登封东南）进军；振武将军沈田子、建威将军傅弘之向武关（今陕西丹凤东南）进军；建武将军沈林子、彭城内史刘遵考率领水军从石门（今河南荥阳北）出发，经汴水进入黄河；任命冀州刺史王仲德统领前锋各军，开辟巨野泽（今山东巨野北）的航道，进入黄河。刘遵考是刘裕的族弟。刘穆之对王镇恶说：“刘公现在把讨伐后秦的重任托付给你，你一定要努力啊！” 王镇恶说：“我如果不能攻克关中，发誓不再渡过长江返回！”
刘裕出发后，青州刺史檀祗擅自从广陵率领部众到涂中（今安徽滁州、蚌埠一带）袭击征讨逃亡的人。刘穆之担心檀祗发动叛乱，商议准备派遣军队防备。当时檀韶担任江州刺史，张邵说：“如今檀韶占据长江中游，檀道济是北征军的主将，如果我们对檀祗表现出怀疑的迹象，太尉府（指刘裕的核心势力）就会陷入危险。不如主动派遣使者前去慰劳檀祗，观察他的意图，这样一定不会有祸患。” 刘穆之于是放弃了派兵的打算。
起初，北魏国主拓跋嗣派公孙表讨伐胡人首领白亚栗斯（即之前的白恶栗斯），嘱咐他说：“一定要先与后秦洛阳守将互通消息，让他们防备黄河南岸，然后再进攻胡人。” 公孙表还没到目的地，胡人就废黜了白亚栗斯，改立刘虎为率善王。公孙表认为胡人内部离心离德，势必会溃败，于是没有通知后秦将领就率军进攻，结果被刘虎打得大败，士兵死伤惨重。
拓跋嗣与大臣们商议说：“胡人叛乱已经超过一年，讨伐多次都没能攻克，他们的部众很多，造成的祸患越来越深。如今正是深秋，不能再征调军队，以免妨碍百姓的农业生产，该怎么办呢？” 白马侯崔宏说：“胡人的部众虽然多，但没有勇猛的将领统领，终究不能成为大的祸患。公孙表等人的军队，兵力并不不足，只是军纪不严，部署不当，才导致失败。只要派一位素来有威望的大将率领几百名骑兵前往统领公孙表的军队，就没有攻克不了的。相州刺史叔孙建之前在并州任职时，被胡人和魏人敬畏服从，其他将领都比不上他，可以派他去。” 拓跋嗣听从了这个建议，任命叔孙建为中领军，统领公孙表等人讨伐刘虎。九月，戊午日，叔孙建等人大败胡人，杀死一万多人，刘虎和司马顺宰都被杀死，俘虏了十万多胡人部众。
太尉刘裕抵达彭城（今江苏徐州），朝廷加封他兼任徐州刺史；任命太原人王玄谟为从事史（僚属官）。
起初，王廞（东晋大臣，曾参与叛乱）战败时，僧人昙永藏匿了他的小儿子王华，让王华提着衣物行李跟在自己身边。渡口的巡逻士兵怀疑他们，昙永呵斥王华说：“你这奴才怎么不快点走！” 用鞭子打了王华几十下，王华因此得以幸免。后来遇到大赦，王华返回吴郡（今江苏苏州）。因父亲王廞的生死不明，王华只吃粗布衣服、素食，断绝与朋友的交往，不出来做官，这样过了十多年。刘裕听说王华贤能，想任用他，于是公布了王廞的死讯，让王华为父亲服丧。王华服丧期满后，刘裕征召他担任徐州主簿。
王镇恶、檀道济率军进入后秦境内，所到之处都取得胜利。后秦将领王苟生献出漆丘（今河南商丘东北）投降王镇恶，徐州刺史姚掌献出项城（今河南沈丘）投降檀道济，其他各据点的守军都望风归降。只有新蔡太守董遵据城抵抗，檀道济攻克城池，活捉董遵，将他杀死。进军攻克许昌，抓获后秦颍川太守姚垣以及大将杨业。沈林子率领水军从汴水进入黄河，襄邑（今河南睢县）人董神虎聚集一千多人前来投降，太尉刘裕任命他为参军。沈林子与董神虎一起进攻仓垣（今河南开封东北），攻克城池，后秦兖州刺史韦华投降。董神虎擅自返回襄邑，沈林子杀了他。
后秦东平公姚绍对后秦主姚泓说：“晋军已经越过许昌，安定地处偏远，难以救援保卫，应当迁徙安定的镇户（由军队家属组成的定居人口，是重要兵源）到京城附近，充实京畿地区，这样可以得到十万精兵。即使晋军、夏军同时入侵，也不至于亡国。否则，晋军进攻豫州，夏军进攻安定，我们该怎么办？时机已经到了，应当迅速决断。” 左仆射梁喜说：“齐公姚恢有威望名声，被岭北（今陕西秦岭以北地区）的人敬畏，安定的镇户已经与赫连勃勃结下深仇，按道理一定会誓死坚守，没有二心。赫连勃勃终究不能越过安定远道侵犯京畿；如果放弃安定，胡人的骑兵一定会打到郿城。如今关中的兵力足以抵抗晋军，没必要白白削弱自己的力量。” 姚泓听从了梁喜的建议。吏部郎懿横秘密对姚泓说：“姚恢在广平公姚弼叛乱时，对陛下有忠诚的功勋。自从陛下即位以来，没有给予他特殊的赏赐来回报他的功劳。如今对外把他派到安定这个危亡之地，对内不让他参与朝廷大权，安定人自认为孤立危急、逼近敌寇，有十分之九的人想南迁。如果姚恢率领几万精兵，大张旗鼓地向京城进军，难道不会成为国家的祸患吗？应当把他征召回朝廷，以安抚他的心。” 姚泓说：“如果姚恢怀有叛乱的心思，征召他回来只会加速灾祸的发生。” 又没有听从懿横的建议。
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王仲德率领水军进入黄河，即将逼近滑台（今河南滑县东）。北魏兖州刺史尉建胆小懦弱，率领部众放弃滑台城，向北渡过黄河逃跑。王仲德进入滑台，宣称说：“晋国本来想用七万匹布帛向魏国借道，没想到魏国的守将却弃城逃走了。” 北魏国主拓跋嗣听说后，派遣叔孙建、公孙表从河内（今河南沁阳）前往枋头（今河南浚县西南），随后率军渡过黄河，在滑台城下斩杀尉建，把他的尸体投入黄河。叔孙建呼喊王仲德的士兵，质问他们侵犯北魏的情况。王仲德派司马竺和之回答说：“刘太尉派王征虏（王仲德任征虏将军）从黄河进军洛阳，修整晋朝先帝的陵墓，不敢对魏国发动侵略。魏国的守将自己放弃滑台逃走，王征虏只是借这座空城暂时休整军队，很快就会向西进军，不会破坏晋、魏两国的友好关系，何必大张旗鼓地炫耀武力呢！” 拓跋嗣派叔孙建向太尉刘裕质问，刘裕用谦逊的言辞道歉说：“洛阳是晋朝的旧都，却被羌人（指后秦）占据；晋朝想修整先帝陵墓已经很久了。羌族中的司马氏宗族，如司马休之、司马国璠兄弟，鲁宗之父子，都是晋朝的祸害，而羌人收留他们，成为晋朝的隐患。如今晋朝准备讨伐羌人，想向魏国借道，不敢做对魏国不利的事。” 北魏河内镇将于栗磾有勇猛的名声，在黄河岸边修筑营垒，防备晋军突袭。刘裕写信给他，信的抬头写着 “黑槊公麾下”。于栗磾喜欢手持黑色长矛来显示自己的身份，所以刘裕用 “黑槊公” 来称呼他。北魏于是任命于栗磾为黑槊将军。
冬季，十月，壬戌日，北魏国主拓跋嗣前往豺山宫。
起初，北燕将领库傉官斌投降北魏，不久后又反叛，返回北燕。北魏国主拓跋嗣派遣骁骑将军延普渡过濡水进攻库傉官斌，将他斩杀；接着进攻北燕的幽州刺史傉官昌、征北将军库傉官提，把两人都斩杀了。
后秦的阳城、荥阳两座城池都向东晋投降，东晋军队进军到成皋。后秦征南将军、陈留公姚洸镇守洛阳，派遣使者向长安求救。后秦主姚泓派遣越骑校尉阎生率领三千骑兵救援洛阳，武卫将军姚益男率领一万步兵协助防守洛阳，又派遣并州牧姚懿向南驻守陕津，为洛阳声援。
宁朔将军赵玄对姚洸说：“如今东晋军队越来越深入，人心惶惶，我们兵力悬殊，如果出战失利，那么大事就全完了。应当集中各据点的兵力，坚守金墉城，等待西边长安援军的到来。金墉城攻不下来，东晋军队必定不敢越过我们向西进军，这样我们不用作战就能坐待对方疲惫不堪。” 司马姚禹暗中与东晋的檀道济勾结，主簿阎恢、杨虔都是姚禹的同党，他们一起嫉妒赵玄，对姚洸说：“殿下凭借英明勇武的谋略，肩负一方重任；如今却据城固守、显露懦弱，恐怕会被朝廷责备吧！” 姚洸认为他们说得对，于是派遣赵玄率领一千多士兵向南驻守柏谷坞，广武将军石无讳向东驻守巩城。
赵玄哭着对姚洸说：“我蒙受后秦三代君主的厚恩，我坚守的节操只有以死报效罢了。只是明公不听忠臣的劝谏，被奸人误导，以后一定会后悔的。” 不久之后，成皋、虎牢都向东晋投降，檀道济等人长驱直入，石无讳抵达石关后，逃回洛阳。龙骧司马、荥阳人毛德祖与赵玄在柏谷交战，赵玄军队战败，赵玄受了十多处伤，趴在地上大声呼喊。赵玄的司马蹇鉴冒着刀刃抱住赵玄哭泣，赵玄说：“我的伤势已经很重，您应该赶紧离开！” 蹇鉴说：“将军不能脱险，我离开后能去哪里呢！” 最终和赵玄一起战死。姚禹翻越城墙投奔檀道济。
甲子日，檀道济进军逼近洛阳；丙寅日，姚洸出城投降。檀道济俘获后秦士兵四千多人，有人提议把他们全部活埋，筑成 “京观”（古代将敌军尸体堆积封土而成的高冢，用以炫耀战功）。檀道济说：“讨伐有罪的人，抚慰受苦的百姓，正是在今天！” 于是把俘虏全部释放并遣送回去。从此，少数民族与汉族百姓都感动喜悦，归附东晋的人非常多。阎生、姚益男还没到达洛阳，听说洛阳已经陷落，就不敢再前进了。
己丑日，东晋朝廷下诏，派遣兼任司空的高密王司马恢之前往洛阳，修整并拜谒东晋五位先帝的陵墓，同时设置守卫士兵。太尉刘裕任命冠军将军毛修之为河南、河内二郡太守，代理司州事务，驻守洛阳。
西秦王乞伏炽磐派遣秦州刺史王松寿镇守马头城，以逼近后秦的上邽。
十一月，甲戌日，北魏国主拓跋嗣返回平城。
太尉刘裕派遣左长史王弘返回建康，委婉劝说朝廷赐给自己 “九锡”（古代帝王赐给功勋卓着或权势极重的诸侯大臣的九种礼器，是最高礼遇）。当时刘穆之掌管留守事务，而刘裕求赐九锡的旨意却从北方前线传来，刘穆之因此既羞愧又恐惧，生了病。王弘是王珣的儿子。
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十二月，壬申日，朝廷下诏任命刘裕为相国、总百揆（总领百官）、扬州牧，封给他十个郡，封号为 “宋公”，举行九锡之礼，地位在诸侯王之上；仍保留他征西将军及司州、豫州、北徐州、雍州四州刺史的职位。刘裕推辞，没有接受。
西秦王乞伏炽磐派遣使者前往太尉刘裕处，请求进攻后秦，以此为刘裕效力。刘裕任命乞伏炽磐为平西将军、河南公。
后秦的姚懿手下司马孙畅劝说姚懿：袭击长安，诛杀东平公姚绍，废黜后秦主姚泓，自己取而代之。姚懿认为这个主意可行，于是分发粮食，赐给黄河以北的少数民族与汉族百姓，想借此树立个人恩德。左常侍张敞、侍郎左雅劝谏说：“殿下作为陛下的同母弟弟，肩负一方重任，国家的安危祸福，都与您息息相关。如今东晋军队向内入侵，四个州已经陷落，西边的夏国侵扰边境，秦州、凉州接连战败失守，朝廷的危险就像堆叠的鸡蛋一样。粮食是国家的根本，而殿下无故分发粮食，消耗国家储备，这该怎么办呢？” 姚懿发怒，用鞭子打死了他们。
姚泓听说这件事后，召见东平公姚绍，秘密与他商议对策。姚绍说：“姚懿性情见识浅薄，容易被别人的意见左右，策划这个阴谋的一定是孙畅。只需火速派遣使者征召孙畅，再派抚军将军姚赞占据陕城，我前往潼关统筹调度各军。如果孙畅遵奉诏令前来，我就派姚懿率领河东现有的军队，一起抵御东晋军队；如果姚懿不遵奉诏令，就公开宣布他的罪状，讨伐他。” 姚泓说：“叔父的话，是为国家着想的妙计。” 于是派遣姚赞及冠军将军司马国璠、建义将军刁玄驻守陕津，武卫将军姚驴驻守潼关。
姚懿于是起兵称帝，向各州郡发布檄文，还想运送匈奴堡的粮食来供给自己镇守地区的百姓。宁东将军姚成都抵抗姚懿，姚懿用谦卑的言辞引诱他，还送上佩刀作为誓约，姚成都没有答应。姚懿派遣骁骑将军王国率领几百名披甲士兵进攻姚成都，姚成都击败并活捉了王国，派遣使者责备姚懿说：“明公作为陛下最亲近的亲属，承担重任，国家危难时不能挽救，反而图谋非分的帝位；后秦三代先帝的神灵，难道会辅佐明公吗！我姚成都将聚集正义的军队，到黄河边去见明公（意为讨伐你）。”
于是姚成都向各城池发布檄文，阐明叛逆与顺从的区别，征调士兵和粮食讨伐姚懿。姚懿也征调各城池的军队，但没有响应他的人，只有临晋的几千户人家响应。姚成都率领军队渡过黄河，进攻临晋响应姚懿的人，将他们击败。镇守地区的人、安定人郭纯等人起兵包围姚懿。东平公姚绍进入蒲阪，活捉姚懿，诛杀了孙畅等人。
这一年，北魏卫将军、安城孝元王叔孙俊去世。北魏国主拓跋嗣非常惋惜他，对叔孙俊的妻子桓氏说：“生前一起享受荣华，死后能一起承受哀痛吗？” 桓氏于是上吊自杀，与叔孙俊合葬。
丁零人翟猛雀驱赶劫掠官吏百姓，进入白三间作乱。北魏内都大官、河内人张蒲与冀州刺史长孙道生率军讨伐他。长孙道生是长孙嵩的侄子。长孙道生想进军攻击翟猛雀，张蒲说：“官吏百姓不是自愿作乱，而是被翟猛雀逼迫胁迫罢了。如今不加以区分，一起进攻他们，即使他们想回归善道，也没有办法，必定会同心协力，占据险要地形抵抗朝廷军队，不容易迅速平定。不如先派遣使者晓谕他们：凡是没有与翟猛雀同谋的人，都不会被治罪。这样他们一定会高兴地离散。”
长孙道生听从了张蒲的建议，投降的有几千户人家，朝廷让他们恢复原来的产业。翟猛雀和他的党羽一百多人逃走，张蒲等人追击，砍下了翟猛雀的首级。左部尚书周几彻底讨伐残余党羽，把他们全部诛杀。