起初，卢循抵达寻阳时，听说刘裕已经返回，还不相信；攻克刘毅的军队后，才确认消息，他和党羽们相视失色。卢循想退回寻阳，攻取江陵，占据江州、荆州来对抗朝廷。徐道覆认为应当乘胜直接进攻建康，坚持争辩。卢循犹豫了几天，最终听从了徐道覆的建议。

己未日（初八），朝廷宣布大赦。刘裕招募百姓当兵，赏赐标准和当初京口起兵时相同。征发百姓修筑石头城（今江苏南京城西）。有人建议分兵防守各渡口要地，刘裕说：“贼众我寡，如果分兵驻守，就会让敌人摸清我们的虚实；而且一处失利，就会动摇三军的士气。如今把军队聚集在石头城，根据情况随时应对，既让敌人无法判断我们的兵力多少，又能集中力量。如果后续军队逐渐集结，再慢慢商议其他策略。”

朝廷听说刘毅战败，人心惶惶。当时北伐的军队刚返回，将士大多受伤生病，建康的士兵不足几千人。卢循攻克江州、豫州（刘毅驻守的地区）后，拥有十多万士兵，战船车马绵延百里，楼船高达十二丈，战败逃回的人争相诉说贼军的强盛。孟昶、诸葛长民想护送安帝渡过长江，刘裕不同意。起初，何无忌、刘毅南征时，孟昶预料他们一定会战败，后来果然如此。到这时，孟昶又认为刘裕一定无法抵抗卢循，众人大多相信他的话。只有龙骧将军东海人虞丘进在朝廷上反驳孟昶等人，认为不会这样。中兵参军王仲德对刘裕说：“明公您是顺应天命的辅臣，刚建立大功，威震天下，妖贼乘虚入侵，如今听说您凯旋归来，一定会溃散。如果您先逃跑，就会和普通人一样，普通人发号施令，怎么能威慑众人！如果这个计划被采纳，我请求从此告辞。” 刘裕非常高兴。孟昶坚持请求不已，刘裕说：“如今重要的藩镇沦陷，强大的贼军逼近，人心恐惧，没有坚定的意志；如果一旦迁都，就会土崩瓦解，江北又怎么能到达呢！即使能到达，也不过是延长几天寿命罢了。如今士兵虽然少，但足够一战。如果能取胜，君臣就能共享太平；如果厄运必定到来，我会战死在宗庙门前，实现我历来以身报国的志向，不能躲藏在民间苟且求生。我的计划已经决定了，你不要再多说！” 孟昶因自己的建议不被采纳而愤怒，又认为一定会战败，于是请求自杀。刘裕发怒说：“你姑且再打一仗，死又何必着急！” 孟昶知道刘裕最终不会采纳他的建议，就上奏表自责说：“刘裕北伐时，众人都不同意，只有我赞同他的计划，导致强贼乘虚而入，国家危急，这是我的罪过。谨以此表向天下人谢罪！” 封好奏表后，孟昶服毒自杀。

乙丑日（五月十四日），卢循率军抵达淮口（今江苏南京西北，秦淮河入长江处），朝廷内外实行戒严。琅邪王司马德文担任都督宫城诸军事，驻守中堂皇（皇宫中的殿堂）；刘裕驻守石头城（今江苏南京城西），其他将领也各自有驻守的地方。刘裕的儿子刘义隆才四岁，刘裕派咨议参军刘粹辅佐他，镇守京口（今江苏镇江丹徒）。刘粹，是刘毅的同族弟弟。

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刘裕看到百姓靠近水边观望贼军，对此感到奇怪，就问参军张劭原因。张劭说：“如果您（持节钺，代指刘裕）还没回来，百姓连逃跑都来不及，哪有心思观望？现在他们是不再害怕了啊。贼军如果从新亭（今江苏南京江宁南）直接进军，其锋芒锐不可当，我们应当暂时回避，胜负还难以预料；如果他们回船停泊在西岸，就一定会被我们擒获。”

徐道覆请求从新亭到白石（今江苏南京江宁西北）一带烧掉船只上岸，分几路进攻刘裕。卢循却想求万全之策，对徐道覆说：“我们大军还没到，孟昶就已经闻风自杀；从大势来看，建康用不了几天就会自行崩溃。现在要在一天内决胜负，冒险求利，既不是必胜的办法，还会损伤士兵，不如按兵不动等待时机。” 徐道覆因卢循多疑、缺乏决断，感叹道：“我最终还是被卢公耽误了，事情肯定成不了；要是我能为真正的英雄效力，平定天下都不在话下。”

刘裕登上石头城眺望卢循的军队，起初看到贼军船只驶向新亭，他回头看身边的人，脸色都变了；不久贼军回船停泊在蔡洲（今江苏南京西南长江中），他才松了口气，露出喜悦神色。于是各路军队逐渐集结。刘裕担心卢循发动突袭，采纳虞丘进的建议，砍伐树木在石头城、淮口一带设置栅栏，修缮越城（今江苏南京秦淮河南），又修筑查浦（今江苏南京西南）、药园（今江苏南京雨花台附近）、廷尉（今江苏南京附近）三座堡垒，都派兵驻守。

刘毅沿途经过蛮地、晋地，勉强保住自己的性命，跟随他的人又饿又累，死亡的有十分之七八。丙寅日（十五日），刘毅抵达建康，等待朝廷处分。刘裕安慰鼓励他，让他负责朝廷内外的留守事务。刘毅请求自我贬官，朝廷下诏将他降为后将军。

北魏长孙嵩率军抵达漠北后返回，柔然军队追击，把他包围在牛川（今内蒙古乌兰察布兴和西北）。壬申日（二十一日），北魏主拓跋嗣向北进攻柔然。柔然可汗社仑听说后，仓皇逃跑，在路上病死；他的儿子度拔还年幼，部众于是拥立社仑的弟弟斛律，号称 “蔼苦盖可汗”。拓跋嗣率军返回参合陂（今内蒙古乌兰察布凉城东北）。

卢循在长江南岸埋伏军队，派老弱士兵乘船向白石进军，声称要率领全部军队从白石步行上岸。刘裕留下参军沈林子、徐赤特驻守南岸，阻断查浦通道，下令他们坚守不动；自己则和刘毅、诸葛长民率军向北出兵抵抗。沈林子说：“妖贼说的这话，未必是真的，我们应该严密防备。” 刘裕说：“石头城地势险要，而且淮河一带的栅栏很坚固，留下你在这里，足够守住了。” 沈林子，是沈穆夫的儿子。

庚辰日（五月二十九日），卢循焚烧查浦，进军到张侯桥（今江苏南京西南）。徐赤特准备出兵进攻，沈林子说：“贼军声称去白石，却多次来挑战，他们的意图很明显。我们兵力少，打不过他们，不如守住险要地形，等待大军增援。” 徐赤特不听，执意出战。卢循的伏兵突然出动，徐赤特大败，独自驾着一条船逃往淮北（今江苏南京长江以北）。沈林子和将军刘钟依靠栅栏奋力作战，朱龄石率军赶来救援，贼军才撤退。卢循率领精锐部队大举上岸，抵达丹阳郡（今江苏南京江宁东南）。刘裕率领各路军队快速返回石头城，斩杀徐赤特，然后脱下铠甲休整。过了很久，才出兵在南塘（今江苏南京秦淮河以南）列阵。

六月，朝廷任命刘裕为太尉、中书监，加授黄钺（古代帝王赐给重臣的仪仗，象征专杀之权）；刘裕接受了黄钺，其余官职则坚决推辞。朝廷任命车骑中军司马庾悦为江州刺史。庾悦，是庾准的儿子。

司马国璠和弟弟司马叔璠、司马叔道逃奔后秦。后秦王姚兴问他们：“刘裕刚诛杀桓玄，辅佐晋室，你们为什么要来投奔我？” 三人回答说：“刘裕削弱皇室权威，我们宗族中但凡有自己奋发图强的人，都会被他除掉。他即将成为国家的祸患，比桓玄还厉害啊。” 姚兴于是任命司马国璠为扬州刺史，司马叔道为交州刺史。

卢循劫掠各县，却没抢到什么物资，对徐道覆说：“军队已经疲惫了，不如返回寻阳（今江西九江），合力夺取荆州（今湖北江陵），占据天下三分之二的地盘，再慢慢和建康对抗。” 秋季，七月，庚申日（初十），卢循从蔡洲向南返回寻阳，留下党羽范崇民率领五千人占据南陵（今安徽芜湖繁昌南）。甲子日（十四日），刘裕派辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史兰陵人蒯恩、中军咨议参军孟怀玉等人率领部众追击卢循。

乙丑日（十五日），北魏主拓跋嗣返回平城（今山西大同）。

西秦王乞伏乾归讨伐越质屈机等十几个部落，降服二万五千人，把他们迁徙到苑川（今甘肃兰州榆中东北）。八月，乞伏乾归重新定都苑川。

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沮渠蒙逊讨伐西凉，在马庙（今甘肃酒泉东南）击败西凉世子李歆，擒获西凉将领朱元虎后返回。西凉公李暠用二千斤银、二千两金赎回朱元虎；沮渠蒙逊归还了朱元虎，于是和李暠结盟，率军返回。

刘裕返回东府（今江苏南京东南），大力整治水军，派建威将军会稽人孙处、振武将军沈田子率领三千人从海路袭击番禺（今广东广州，卢循的老巢）。沈田子，是沈林子的哥哥。众人都认为 “海路艰难遥远，难以到达，而且分走现有兵力，不是当前紧急的事”。刘裕不听，命令孙处说：“大军在十二月初一定能击败妖虏，你到那时要先摧毁他们的巢穴，让他们逃跑后无处可归。”

谯纵派侍中谯良等人前往后秦朝见，请求出兵讨伐晋朝。谯纵任命桓谦为荆州刺史，谯道福为梁州刺史，率领二万人侵犯荆州；后秦王姚兴派前将军苟林率领骑兵与他们会合。

江陵自从卢循东下后，就得不到建康的消息，盗贼四处兴起。荆州刺史刘道规派司马王镇之率领天门太守檀道济、广武将军彭城人到彦之入援建康。檀道济，是檀祗的弟弟。

王镇之抵达寻阳时，被苟林击败。卢循听说后，任命苟林为南蛮校尉，分给他兵力，让他乘胜讨伐江陵，还声称徐道覆已经攻克建康。桓谦在路上招募旧部和义士，投奔他的百姓有二万人。桓谦驻守枝江（今湖北宜昌枝江），苟林驻守江津（今湖北荆州江陵南），两个敌寇逼近江陵，江陵的官民大多怀有二心。刘道规于是召集将士说：“桓谦现在就在附近，我听说各位中有不少人有离开的打算。我从东边带来的文武官员，足够办成大事；如果有人想走，我绝不禁止。” 于是夜里打开城门，直到天亮都不关闭。众人都敬畏服从，没有一个人离开。

雍州刺史鲁宗之率领几千人从襄阳（今湖北襄阳）赶赴江陵。有人说鲁宗之的心意难以揣测，刘道规却单人匹马前去迎接他，鲁宗之深受感动，十分喜悦。刘道规让鲁宗之留守江陵，把他当作心腹托付，自己则率领各路军队进攻桓谦。将领们都说：“现在远出讨伐桓谦，胜负难料。苟林近在江津，窥探我们的动静，如果他来攻城，鲁宗之未必能守住；万一失利，大事就全完了。” 刘道规说：“苟林愚蠢懦弱，没什么奇计，他知道我离开不远，一定不敢攻城。我现在去进攻桓谦，到了就能攻克；等他犹豫要不要来的时候，我已经返回了。桓谦战败后，苟林会吓破胆，哪有时间来攻城！而且鲁宗之单独防守，怎么会支撑不了几天！” 于是快速进军攻打桓谦，水路、陆路同时推进。桓谦等人大规模部署水军，加上步兵、骑兵，在枝江交战。檀道济率先冲锋，攻破敌阵，桓谦等人大败。桓谦独自驾船逃奔苟林，刘道规追击，将他斩杀。返回时，刘道规抵达涌口（今湖北荆州江陵东南），讨伐苟林，苟林逃跑，刘道规派咨议参军临淮人刘遵率领部众追击。当初，桓谦抵达枝江时，江陵的官民都给桓谦写信，告知城内虚实，想做内应；这时这些信被查获，刘道规却全部烧掉，看都不看，众人于是彻底安心。

江州刺史庾悦任命鄱阳太守虞丘进为先锋，多次击败卢循的军队，进军占据豫章（今江西南昌），断绝了卢循的粮道。九月，刘遵在巴陵（今湖南岳阳）斩杀苟林。

桓石绥趁卢循入侵之机，在洛口（今湖北襄阳东南）起兵，自称荆州刺史；征阳县令王天恩自称梁州刺史，袭击并占据西城（今陕西安康西北）。梁州刺史傅韶派儿子魏兴太守傅弘之讨伐桓石绥等人，将他们全部斩杀，桓氏家族从此灭亡。傅韶，是傅畅的孙子。

西秦王乞伏乾归进攻后秦的略阳（今甘肃天水秦安）、南安（今甘肃定西陇西东南）、陇西（今甘肃定西临洮）等郡，全部攻克，把二万五千户百姓迁徙到苑川和枹罕（今甘肃临夏）。

甲寅日（九月十九日），北魏将拓跋珪安葬在盛乐金陵（今内蒙古呼和浩特和林格尔西北），谥号为 “宣武”，庙号为 “烈祖”。

刘毅坚决请求追击卢循，长史王诞秘密对刘裕说：“刘毅已经战败，不宜再让他立功。” 刘裕听从了王诞的建议。冬季，十月，刘裕率领兖州刺史刘籓、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等人向南进攻卢循，任命刘毅监管太尉留府事务，后方的所有事情都委托给他。癸巳日（二十九日），刘裕从建康出发。

徐道覆率领三万人赶赴江陵，突然抵达破冢（今湖北荆州江陵东南）。当时鲁宗之已经返回襄阳，来不及召回，江陵人心大为震动。有人传言卢循已经平定京城，派徐道覆来当荆州刺史，但江汉地区的官民感激刘道规之前焚烧书信、不追究内应的恩德，没有再怀二心。刘道规让刘遵另外率领一支游军（机动部队），自己在豫章口（今湖北荆州江陵东南）抵抗徐道覆，先锋部队失利；刘遵从外围侧面袭击，大败贼军，斩首一万多级，贼军投水而死的几乎全部灭绝。徐道覆独自驾船逃回湓口（今江西九江东）。当初，刘道规让刘遵率领游军时，众人都认为强敌当前，只担心兵力不足，不该分割现有兵力，把军队放在无用的地方。等到击败徐道覆，最终依靠的却是游军的力量，众人才心服口服。

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鲜卑族仆浑、羌族句岂、输报、邓若等部落，率领二万户百姓投降西秦。

王仲德等人听说刘裕大军即将到达，在南陵进攻范崇民，范崇民的战舰在长江两岸分别驻扎。十一月，刘钟亲自去侦察贼军，天降大雾，贼军用钩子钩住了他的船。刘钟趁机率领手下进攻船门，贼军急忙关闭船门抵抗。刘钟于是慢慢退回，和王仲德一起进攻范崇民，范崇民逃走。

癸丑日（十一月十九日），益州刺史鲍陋去世。谯道福攻陷巴东（今重庆奉节），杀死守将温祚、时延祖。

卢循驻守广州的军队，没有防备海路。庚戌日（十二月十六日），孙处从海路突然抵达，恰逢大雾，晋军从四面进攻，当天就攻克了广州城。孙处对外安抚当地旧民，诛杀卢循的亲党，整兵严守，又分派沈田子等人进攻岭南（今广东、广西一带）各郡。

刘裕驻军雷池（今安徽安庆望江东南），卢循声称不进攻雷池，要顺长江直下。刘裕知道卢循想决战，十二月，己卯日（十五日），率军进军大雷（今安徽安庆望江）。庚辰日（十六日），卢循、徐道覆率领几万军队沿江而下，船只前后相连，看不到尽头。刘裕出动全部轻装战船，率领各军合力攻击；又分派步兵、骑兵驻守西岸，岸上的军队投掷火把焚烧贼船，烟火冲天。卢循的军队大败，逃回寻阳；准备前往豫章时，又全力设置栅栏阻断左里（今江西九江都昌西北）。丙申日（十二月初二），刘裕的军队抵达左里，无法前进。刘裕指挥军队准备作战时，手中的指挥竿突然折断，旗帜沉入水中，众人都感到奇怪和害怕。刘裕笑着说：“往年覆舟之战（指讨伐桓玄时的一场战役），旗帜竿也折断过，现在又这样，贼军一定能被击败！” 随即下令进攻栅栏，向前推进。卢循的军队虽然拼死抵抗，却无法阻挡。卢循独自驾船逃跑，被杀和投水而死的贼军共有一万多人。刘裕接纳投降的贼兵，赦免了那些被逼迫跟随卢循的人，派刘籓、孟怀玉率领轻装部队追击卢循。卢循收集散兵，还有几千人，直接返回番禺；徐道覆则逃到始兴（今广东韶关）防守。刘裕暂任建威将军褚裕之为广州刺史。褚裕之，是褚裒的曾孙。刘裕返回建康。刘毅讨厌刘穆之，常常在和刘裕闲谈时说刘穆之权力太大，刘裕却因此更加亲近信任刘穆之。

北燕广川公冯万泥、上谷公冯乳陈，自认为是皇室宗族，又有大功，认为应当入朝担任辅政大臣。燕王冯跋因两人镇守藩镇、责任重大，很久不征召他们入朝，两人都心怀怨恨。这一年，冯乳陈秘密派人告诉冯万泥说：“我有一个重要计划，希望和叔父一起谋划。” 冯万泥于是逃到白狼（今辽宁朝阳喀左西南），和冯乳陈一起反叛。冯跋派汲郡公冯弘和张兴率领二万步兵、骑兵讨伐他们。冯弘先派使者向两人晓谕祸福；冯万泥想投降，冯乳陈却不同意。张兴对冯弘说：“贼军明天会出战，今晚一定会来劫营，我们应当做好防备。” 冯弘于是秘密下令，让每人准备十束干草，储备火种，埋伏军队等待贼军。当天夜里，冯乳陈果然派一千多名壮士来劫营，晋军的火把同时点燃，伏兵突然出击，把贼军全部俘获斩杀。冯万泥、冯乳陈害怕，出城投降，冯弘将两人全部斩杀。冯跋任命范阳公冯素弗为大司马，改封辽西公；任命冯弘为骠骑大将军，改封中山公。