六月，初三壬子，东晋追尊会稽王太妃郑氏为简文宣太后。群臣认为宣太后应该配祭元帝，太子前率徐邈说：“宣太后在世时，不是先帝的正式配偶。至于子孙，怎么可以为祖父、父亲立配祭！”国学明教东莞人臧焘说：“如今尊号既已端正，则无穷的哀情得以申张；另建寝庙，则尊崇父亲的意义显扬；系列于儿子称号，同时表明尊贵的由来。一举而符合三义，不也很好吗？”于是在太庙路西建立宣太后庙。
后燕国主慕容垂进军包围长子。西燕国主慕容永想投奔后秦，侍中兰英说：“从前石虎进攻龙都，太祖坚守不离开，终于成就大燕的基业。如今慕容垂已是七十老翁，厌倦困苦于战争，终究不能连年驻扎军队进攻我们。只应当坚守城池拖垮他。”慕容永听从了他的建议。
前秦国主苻登派遣儿子汝阴王苻宗到河南王乞伏乾归那里做人质以请求救援，进封乞伏乾归为梁王，娶乞伏乾归的妹妹为梁王后。乞伏乾归派遣前军将军乞伏益州等人率领骑兵一万救援苻登。秋季，七月，苻登率军出迎乞伏乾归的军队。后秦国主姚兴从安定前往泾阳，与苻登在马毛山南交战，擒获苻登，杀了他。全部遣散苻登的部众，让他们回家务农，迁徙阴密三万户到长安，把苻登的李皇后赐给姚晃。乞伏益州等人听说后，带兵返回。前秦太子苻崇逃奔湟中，即皇帝位，改年号为延初。追谥苻登为高皇帝，庙号为太宗。
后秦安南将军强熙、镇远将军杨多反叛，推举窦冲为首领。后秦国主姚兴亲自率军讨伐他们，军队到达武功，杨多哥哥的儿子杨良国杀死杨多投降，强熙逃奔秦州，窦冲逃奔汧川，汧川氐人仇高擒获窦冲送给后秦。
后凉三河王吕光任命儿子吕覆为都督玉门以西诸军事、西域大都护，镇守高昌，命令大臣的子弟跟随他。
八月，十四日己巳，东晋尊奉皇太妃李氏为皇太后，居住于崇训宫。
西燕国主慕容永困顿危急，派遣儿子常山公慕容弘等人向雍州刺史郗恢求救，并献上一颗玉玺。郗恢上奏说：“慕容垂如果吞并慕容永，祸患会更深，不如让他们两者并存，可以寻找机会同时消灭他们。”晋孝武帝认为正确，下诏青、兖二州刺史王恭、豫州刺史庾楷救援西燕。庾楷是庾亮的孙子。慕容永担心东晋军队不出兵，又派遣太子慕容亮到东晋作人质；后燕平规追击慕容亮，在高都追上，擒获了他。慕容永又向北魏告急，魏王拓跋珪派遣陈留公拓跋虔、将军庾岳率领骑兵五万向东渡过黄河，屯驻秀容，以救援慕容永。拓跋虔是拓跋纥根的儿子。东晋、北魏的军队都没有到达，大逸豆归的部将伐勤等人打开城门让后燕军队进入，后燕人擒获慕容永，杀了他，并斩杀西燕公卿大将刁云、大逸豆归等三十多人，获得慕容永所统辖的八郡七万多户以及前秦的皇帝车驾、服饰御物、歌舞伎乐、奇珍异宝很多。后燕国主慕容垂任命丹杨王慕容瓒为并州刺史，镇守晋阳；宜都王慕容凤为雍州刺史，镇守长子。西燕尚书仆射昌黎人屈遵、尚书阳平人王德、秘书监中山人李先、太子詹事渤海人封则、黄门郎太山人胡母亮、中书郎张腾、尚书郎燕郡人公孙表都根据才能提拔任用。
九月，慕容垂从长子前往邺城。
冬季，十月，前秦国主苻崇被梁王乞伏乾归驱逐，投奔陇西王杨定。杨定留下司马邵强守卫秦州，率领部众二万与苻崇共同进攻乞伏乾归，乞伏乾归派遣凉州牧轲弹、秦州牧益州、立义将军诘归率领骑兵三万抵抗他们。益州与杨定交战，在平州失败。轲弹、诘归都带兵退却，轲弹的司马翟瑥奋剑愤怒地说：“主上以雄武开创基业，所向无敌，声威震动秦、蜀。将军以宗室身份担任元帅职务，应该竭力效命以辅佐国家。如今秦州虽然失败，两支军队还完好，为什么望风退却，将有什么脸面去见主上呢？我翟瑥虽然没有重任，难道不能根据情况斩杀将军吗？”轲弹道歉说：“先前不知道大家的心意怎样罢了。如果真能这样，我怎敢吝惜一死？”于是率领骑兵进军作战，益州、诘归也统率军队跟进，大败杨定军队，杀了杨定和苻崇，斩首一万七千级。乞伏乾归于是全部占有了陇西地区。
杨定没有儿子，他的叔父杨佛狗的儿子杨盛，先前守卫仇池，自称征西将军、秦州刺史、仇池公，追谥杨定为武王，仍然派遣使者向东晋称臣。前秦太子苻宣投奔杨盛，杨盛分出氐人、羌人为二十部护军，各自镇守戍卫，不设置郡县。
后燕国主慕容垂向东巡视阳平、平原，命令辽西王慕容农渡过黄河，与安南将军尹国攻取青、兖地区。慕容农进攻廪丘，尹国进攻阳城，都攻克了。东平太守韦简战死，高平、太山、琅邪各郡都弃城溃逃，慕容农进军到海边，遍设郡守县令。
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柔然部落首领曷多汗抛弃父亲，与社仑率领部众向西逃走；北魏长孙肥追击他们，追到上郡跋那山，斩杀曷多汗。社仑收集残余部众几百人，投奔疋候跋，疋候跋把他们安置在南方边境。社仑袭击疋候跋，杀了他；疋候跋的儿子启跋、吴颉等人都投奔北魏。社仑抢掠五原以西各部落，向北穿过大漠逃走。
十一月，后燕辽西王慕容农在龙水打败辟闾浑，于是进入临淄。十二月，后燕国主慕容垂召慕容农等人返回。
后秦国主姚兴派遣使者与后燕建立友好关系，并送还太子慕容宝的儿子慕容敏，后燕封慕容敏为河东公。
梁王乞伏乾归自称秦王，大赦天下。
晋孝武帝太元二十年（乙未，公元395年）
春季，正月，后燕国主慕容垂派遣散骑常侍封则到后秦回访；于是从平原到广川、勃海、长乐狩猎后返回。
西秦王乞伏乾归任命太子乞伏炽磐兼任尚书令，左长史边芮为左仆射，右长史秘宜为右仆射，设置官职都如同魏武帝、晋文帝的旧例，但仍然称大单于、大将军。边芮等人仍兼任大单于府、大将军府的辅佐官员如故。
薛干部落首领太悉伏从长安逃回岭北，上郡以西的鲜卑杂胡都响应他。
二月，初四甲寅，东晋尚书令陆纳去世。
三月，初一庚辰朔，出现日食。
东晋皇太子迁出皇宫到东宫居住，任命丹杨尹王雅兼任少傅。
当时会稽王司马道子专权，奢侈放纵，宠臣赵牙本来是倡优，茹千秋本来是钱唐县的捕贼吏，都因谄媚贿赂得以晋升。司马道子任命赵牙为魏郡太守，茹千秋为骠骑咨议参军。赵牙为司马道子修建东第，筑造假山开挖水池，费用巨大。晋孝武帝曾到他的府第，对司马道子说：“府内竟然有山，很好；但装饰太过分了。”司马道子无言以对。晋孝武帝离开后，司马道子对赵牙说：“皇上如果知道山是人力造成的，你一定死定了！”赵牙说：“您在，赵牙怎么敢死！”建造得更加厉害。茹千秋卖官招权，聚敛财物数以亿计。博平令吴兴人闻人奭上疏揭发他们，晋孝武帝更加厌恶司马道子，但被太后逼迫，不忍心废黜他，于是提拔当时有威望的人和所亲信的王恭、郄恢、殷仲堪、王珣、王雅等人，让他们担任朝廷内外的重要职务以防备司马道子。司马道子也引进王国宝以及王国宝的堂弟琅邪内史王绪，作为心腹。从此朋党竞相兴起，不再有从前友爱的欢乐了；太后经常为他们和解。中书侍郎徐邈从容地对晋孝武帝说：“汉文帝是明主，还后悔对待淮南王；世祖聪明通达，对齐王有愧。兄弟之间，实在应该深加谨慎。会稽王虽然有酣饮放纵的缺点，应该加以宽恕，消散众人的议论，外为国家大局着想，内安慰太后的心。”晋孝武帝采纳了他的建议，又像以前一样信任司马道子。