舰队成员们全神贯注，等待着最佳时机。终于，飞行物集群开始转向，林悦抓住这个瞬间，大喊：“攻击！”

联合舰队的所有战舰同时开火，强大的能量光束集中射向飞行物的侧翼。在密集的火力攻击下，飞行物纷纷被击中，爆炸的火光在宇宙中闪烁。

然而，飞行物的数量实在太多，尽管遭受了重创，它们仍在顽强抵抗。林悦意识到，必须找到这些飞行物的指挥中枢，才能彻底击败它们。

在激烈的战斗中，林悦发现有一艘较大的战舰隐藏在飞行物集群的后方，它似乎在向其他飞行物发送信号。“那艘战舰很可能就是指挥中心，所有战舰，跟我来！”林悦带领舰队朝着那艘战舰冲去。

在冲向指挥战舰的过程中，舰队遭遇了重重阻碍。飞行物们疯狂地攻击着舰队，试图保护它们的指挥中枢。林悦凭借着出色的驾驶技术和丰富的战斗经验，带领舰队突破了飞行物的防线，成功接近指挥战舰。

“集中火力攻击指挥战舰的能源核心！”林悦大喊。

舰队的主炮齐发，强大的能量光束击中指挥战舰的能源核心，引发了剧烈的爆炸。随着指挥战舰的毁灭，其他飞行物瞬间失去了指挥，变得混乱无序。

林悦趁机指挥舰队对残余的飞行物进行清理。经过一番激烈的战斗，终于将这些不明飞行物全部消灭，成功解救了边境星系。

然而，林悦并没有放松警惕。她带领舰队对战场进行仔细搜索，希望能找到关于这些飞行物的线索。在指挥战舰的残骸中，他们发现了一些奇怪的生化芯片和能量源。

“这些芯片和能量源的技术非常先进，而且带有明显的‘混沌暗能’气息。”科研人员分析后说道。

林悦意识到，这背后一定还有更大的阴谋。她决定将这些残骸带回总部，进行深入研究。回到总部后，科研团队对残骸展开了全面分析。他们发现，这些飞行物是一种被称为“暗影虫群”的生化武器，由某个隐藏在暗处的势力制造，其目的似乎是为了试探宇宙联合探索与防御组织的实力。

“看来我们的敌人还在暗处窥视着我们，他们不会轻易放弃。”林悦看着研究报告，表情凝重。

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为了应对未来可能出现的危机，林悦开始着手加强舰队的实力。她与各个文明进行沟通，共同研发新型武器和防御系统。同时，她还组织舰队进行高强度的训练，提高成员们的战斗技能和应变能力。

在训练过程中，林悦发现了一些年轻成员的特殊天赋。其中一名叫做陈宇的年轻飞行员，拥有出色的反应速度和战斗直觉，他在模拟战斗中的表现十分亮眼。